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苹果手机短信删除后，如果消息图标仍然显示，可能有以下几种原因。
1、短信可能没有被完全删除，在iPhone上，即使短信被删除，仍然会保留在“最近删除”文件夹中，这可能是导致短信计数仍然显示的原因，可以进入该文件夹并清空其中的短信以解决问题。
2、可能存在未读的短信或验证码等通知信息，这些通知可能仍然存在于通知中心或短信应用程序的通知部分中，导致短信图标上的数字计数仍然存在，可以打开通知中心或短信应用程序的通知部分，查看是否有未读通知并清除它们。
3、手机系统出现问题也可能导致短信图标异常显示，可以尝试重启手机来解决这个问题，如果重启手机无效，可能需要检查系统是否需要更新或者是否存在其他问题。
如果以上方法都无法解决问题，建议联系苹果官方客服或者前往苹果专卖店进行检查和修复。